El arroz, al ser un cultivo alimentario básico para más de un tercio de la población mundial, se ha convertido en un objetivo potencial para muchos comerciantes deshonestos y partes interesadas que lo mezclan con granos/productos de baja calidad y bajo costo, y con adulterantes poco nutritivos para obtener ganancias con el menor esfuerzo posible. Los polimorfismos de nucleótido único e inserción-deleción (InDel) se han utilizado ampliamente como marcadores de ADN, no solo en la cría de plantas, sino también para identificar diversos rasgos en el arroz. Recientemente, la secuenciación de próxima generación (NGS) ha producido secuencias que permiten la detección a nivel genómico de estos marcadores moleculares. Estos polimorfismos pueden ser potencialmente utilizados para desarrollar marcadores basados en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de alta precisión. Las técnicas basadas en PCR son métodos rápidos y exitosos para abordar el problema de la adulteración a nivel comercial. Aquí, informamos sobre el análisis a nivel genómico de marcadores de InDel de 17 cultivares chinos disponibles comercialmente. Con el fin de obtener resultados precisos, todas las muestras fueron secuenciadas con una cobertura genómica de aproximadamente 30x utilizando el sistema Illumina HiSeq 2500(tm). Se produjo un promedio de 10.6 GB de lecturas limpias por muestra y ~96.3% de las lecturas pudieron ser mapeadas al genoma de referencia del arroz IRGSP 1.0. Después de una serie de filtrados, seleccionamos cinco marcadores de InDel para validación mediante PCR. Los resultados revelaron que estos marcadores de InDel pueden ser utilizados para la autenticación de cultivares élite coreanos frente a los adulterantes.