El estudio actual tiene como objetivo identificar marcadores de inserción/borrado (INDEL) candidatos asociados con la sensibilidad al fotoperíodo (PS) en variedades de arroz de la región del Mekong en Vietnam. Se llevó a cabo la secuenciación del genoma completo de 20 accesiones para analizar las variaciones de INDEL entre dos grupos de sensibilidad al fotoperíodo. Se identificaron un total de 2240 INDELs entre los dos grupos de sensibilidad al fotoperíodo. Los criterios de selección incluyeron INDELs con inserciones o eliminaciones de al menos 20 pares de bases dentro del grupo de arroz mejorado. Se descubrieron seis INDELs en los cromosomas 01 (5 INDELs) y 6 (1 INDEL), y se identificaron dos genes: y . El gen , que puede estar involucrado en la floración del arroz, se identificó en una eliminación de 20 pb en el cromosoma 01 del grupo de accesiones de arroz mejorado. Se diseñó un marcador para este gen, indicando una tasa de polimorfismo del 20%. Notablemente, el 20% de los materiales estaban compuestos por accesiones de arroz mejorado. Este marcador INDEL podría explicar el 100% de las distinciones observadas. Un análisis adicional de la población de mapeo demostró que un marcador INDEL asociado con el gen en el cromosoma 01 estaba vinculado a la sensibilidad al fotoperíodo. La población F1 mostró dos bandas en todos los individuos híbridos. El marcador demuestra eficacia en distinguir accesiones de arroz mejorado dentro de las accesiones indica. Este estudio subraya la aplicabilidad potencial del marcador INDEL en estrategias de mejoramiento.