La interacción entre factores de transcripción (TFs) y motivos es esencial para la regulación génica y la posterior formación del fenotipo. JAGGEED 1 de soja (GmJAG1) es un TF clave que controla la forma de la hoja, el número de semillas y el tamaño de la flor. Para entender los motivos de unión de GmJAG1, en este estudio, realizamos el experimento de secuenciación de purificación por afinidad de ADN de GmJAG1 (DAP-seq), que es una herramienta poderosa para el método de predicción de motivos de novo. Se predijeron dos nuevos motivos de unión significativos de GmJAG1 y los experimentos de EMSA verificaron aún más la capacidad de GmJAG1 para unirse a estos motivos. Los sitios de unión potenciales en el promotor del gen aguas abajo fueron identificados a través del escaneo de motivos y se construyó una red reguladora potencial mediada por GmJAG1. Estos resultados sirvieron como recursos genómicos importantes para comprender mejor el mecanismo regulador de GmJAG1.