El número total de flores y vainas (TFPN) y el número efectivo de vainas por planta (PNPP) están entre los rasgos agronómicos más importantes para la producción de soja. Sin embargo, el mecanismo genético subyacente sigue siendo poco claro. En este estudio, se construyó una población de líneas recombinantes derivadas de un cruce entre JY73 (alto TFPN) y TJSLH (bajo TFPN) para mapear loci para los dos rasgos. En total, se identificaron seis QTL para TFPN y cinco QTL para PNPP, entre los cuales un QTL en el cromosoma 4, denominado , explicó el 9,2% y el 9,6% de la variación fenotípica de TFPN y PNPP, respectivamente. El análisis de líneas heterocigotas residuales indicó que TFPN o PNPP estaba controlado por un gen dominante único en este locus y delimitó el QTL en un intervalo de aproximadamente 2,62 Mb que estaba estrechamente vinculado a un marcador Indel C1-5. Este resultado de mapeo fue confirmado además por el análisis de segregantes agrupados (BSA) de las líneas casi isogénicas. El BSA basado en secuenciación del genoma también identificó ocho genes candidatos que portaban SNPs no sinónimos y/o Indels; dos genes, y , fueron nominados como los genes más prometedores para basados en análisis adicionales de expresión y función. Estos resultados mejoran nuestra comprensión del mecanismo genético de TFPN y PNPP e indican el potencial para la mejora del rendimiento de la soja.