La deposición excesiva de grasa abdominal acompañada de un crecimiento rápido en los pollos de engorde afecta seriamente la eficiencia de producción. Utilizando líneas de pollos de engorde seleccionadas divergentemente de la Universidad Agrícola del Noreste, integramos secuenciación de transcriptomas, resecuenciación de genomas completos y datos genómicos tridimensionales para identificar SNPs clave que afectan la deposición de grasa abdominal. De 3,850,758 SNPs iniciales, se seleccionaron 22,721 SNPs de alta calidad (|AF| >= 0.9) y se validaron para obtener 7341 SNPs confiables. GWAS identificó 16 SNPs significativamente asociados con el peso de la grasa abdominal, mientras que el análisis de LD reveló 22 SNPs altamente vinculados, determinando finalmente 2302 SNPs candidatos. El análisis de transcriptomas identificó 825 genes expresados diferencialmente ( = 1.5). La anotación funcional reveló 201 SNPs ubicados en regiones de genes expresados diferencialmente, incluyendo 8 SNPs codificantes y 193 SNPs no codificantes, con 15 SNPs adicionales que potencialmente regulan a través de interacciones de cromatina a larga distancia. El análisis mecanicista mostró que los SNPs codificantes regulan la expresión génica al alterar las tasas de traducción de codones o la estabilidad del ARNm, mientras que los SNPs no codificantes regulan la transcripción al afectar la unión de factores de transcripción. El análisis de asociación fenotípica demostró que los 213 SNPs pueden causar diferencias >=2 veces en el peso de la grasa abdominal, con 182 SNPs causando diferencias >=3 veces. Este estudio identificó con éxito 213 SNPs funcionales que afectan la deposición de grasa abdominal en pollos de engorde y reveló su base molecular para regular el metabolismo de grasas a través de múltiples mecanismos, proporcionando importantes marcadores genéticos para la cría de pollos de engorde con bajo contenido de grasa.