La elongación del mesocotilo de las plántulas de arroz es un rasgo clave para la tolerancia a la siembra profunda y el buen establecimiento de plántulas en la producción de arroz de siembra directa en seco (DDSR). Se evaluaron subconjuntos del Panel de Diversidad de Arroz 1 (RDP1, 294 accesiones) y de la población de líneas recombinantes endogámicas Hanyou 73 (HY73) (312 líneas) para la longitud del mesocotilo (ML) a través de la germinación en oscuridad. Seis accesiones de RDP1 (Phudugey, Kasalath, CA902B21, Surjamkuhi, Djimoron y Goria) tuvieron una ML mayor a 10 cm, mientras que las otras 19 accesiones superaron los 4 cm. Un GWAS en RDP1 detectó 118 SNPs asociados en los 12 cromosomas utilizando un umbral de FDR ajustado < 0.05, incluyendo 11 SNPs en los cromosomas 1, 4, 5, 7, 10 y 12 declarados por -log() > 5.868 como el umbral corregido por Bonferroni. Usando datos fenotípicos de tres ensayos sucesivos y un mapa binario de alta densidad a partir de datos genotípicos de resecuenciación, se detectaron de cuatro a seis QTLs en los cromosomas 1, 2, 5, 6 y 10, incluyendo tres loci mapeados repetidamente para ML en dos o tres ensayos replicados. Se predijeron genes candidatos a partir de las regiones cromosómicas cubiertas por los bloques de LD asociados y los intervalos de confianza (CIs) de los QTLs y se validaron parcialmente mediante datos de RNA-seq dinámicos en el mesocotilo a lo largo de diferentes períodos de exposición a la luz. Se discutieron estrategias potenciales de selección de padres donantes para el establecimiento de plántulas en la mejora del DDSR.