La inducción de callos (IC) es un rasgo crítico para transformar genes deseables en plantas. Se realizó un análisis de asociación a nivel genómico (GWAS) en los germoplasmas de arroz de 110 accesiones de arroz, en el cual se utilizaron tres medios de cultivo de tejidos, B5, MS y N6, para la IC de las semillas maduras de esos paneles de arroz. Siete loci de rasgos cuantitativos (QTL) en los cromosomas de arroz 2, 6, 7 y 11 afectaron el porcentaje de IC en los tres medios. Para el medio B5, se identificó un QTL (qCI-B5-Chr6) en el cromosoma 6 del arroz; para el medio MS, se identificaron dos QTL en los cromosomas 2 y 6 del arroz (qCI-MS-Chr2 y qCI-MS-Chr6, respectivamente); para el medio N6, se identificaron cuatro QTL en los cromosomas 6, 7 y 11 del arroz (qCI-N6-Chr6.1 y qCI-N6-Chr6.2, qCI-N6-Chr7 y qCI-N6-Chr11, respectivamente). Se identificaron cincuenta y cinco genes dentro de los bloques de haplotipos correspondientes a estos QTL, treinta y uno de los cuales mostraron haplotipos asociados con diferentes porcentajes de IC en esos medios. qCI-B5-Chr6 se localizó en la misma región que qCI-N6-Chr6.2, y también se identificó la proteína relacionada con la caleosina en esta región. El análisis del haplotipo basado en genes reveló la asociación de este gen con diferentes porcentajes de IC en los medios B5 y N6, sugiriendo que el gen puede desempeñar un papel crítico en el mecanismo de IC. Además, varios genes, incluidos aquellos que codifican la , , , y , se asociaron con diferentes porcentajes de IC en el medio N6. Los resultados de este estudio proporcionan información sobre los posibles QTL y genes candidatos para la inducción de callos en arroz que contribuyen a nuestra comprensión de los procesos fisiológicos y bioquímicos involucrados en la formación de callos, que es una herramienta esencial en la mejora molecular del arroz.