El peso del grano y la forma del grano son rasgos clave que afectan el rendimiento y la calidad del grano en arroz. En esta investigación, un locus de rasgos cuantitativos (QTL) que controla el peso de 1000 granos (TGW), la longitud del grano (GL) y el ancho del grano (GW) en arroz, fue mapeado con precisión dentro de una región de 84.7 kb en el cromosoma 2 utilizando tres conjuntos de líneas casi isogénicas (NILs) originadas del cruce de arroz, Teqing (TQ)/IRBB52. En las poblaciones NIL, el TGW, GL y GW de las líneas homocigotas IRBB52 aumentaron en 0.22 g, 0.020 mm y 0.009 mm respectivamente en comparación con las líneas homocigotas TQ. Cuatro genes anotados mostraron polimorfismos de nucleótidos entre las dos líneas parentales en la región. Solo un gen anotado, mostró diferencias significativas de expresión entre NIL y NIL en las panículas jóvenes realizadas mediante secuenciación de ARN y reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real. Estos resultados indicaron que , que codifica la fosfatidilinositol-4-fosfato 5-quinasa (PIP5K), era el gen candidato de . Luego, se encontró una inserción-deleción (InDel) en la región codificante. El análisis de haplotipos se realizó en base a los datos fenotípicos de 4720 accesiones de arroz de RiceVarMap V2.0. Dos haplotipos, Hap1 (tipo TQ) y Hap2 (tipo IRBB52), fueron clasificados según un InDel. Se identificaron diferencias significativas en los rasgos de peso del grano entre Hap1 y Hap2. Hap2 tiene mayor GL y RLW pero menor GW, mostrando así un potencial para mejorar simultáneamente el rendimiento y la calidad del grano.