Los ARN largos no codificantes (lncRNAs) son componentes cruciales en la regulación de la floración de las plantas. Sin embargo, el mecanismo regulador de los lncRNAs que subyace a la floración inducida por ácido salicílico (SA) sigue siendo desconocido en lenteja de agua (por ejemplo, L.), una especie modelo acuática con importantes aplicaciones potenciales en agricultura e industria. En este trabajo, se recolectaron plantas en cuatro momentos cruciales durante la floración inducida por SA y se sometieron a secuenciación de longitud completa PacBio y secuenciación de ARN específica de hebra. Se identificaron un total de 474 lncRNAs, de los cuales 31 estaban diferencialmente expresados e involucrados en la floración inducida por SA. Un análisis regulatorio encontró que estos lncRNAs mostraban tendencias de expresión específicas temporales y principalmente participaban en el metabolismo del estrés, la fotosíntesis, el metabolismo del jasmonato y el transporte bajo tratamiento con SA. Cinco lncRNAs se determinaron como blancos de miRNAs que desempeñaban roles críticos en la regulación de la floración. Además, quince lncRNAs mostraron co-expresión con genes relacionados con la floración, y lncRNA03 y lncRNA25 fueron identificados como actores clave involucrados en la floración a través de interacciones lncRNA-miRNA-mRNA. Finalmente, doce lncRNAs relacionados con la regulación, blancos de miRNA o co-expresión con genes relacionados con la floración fueron verificados por qRT-PCR. Estos hallazgos profundizan nuestra comprensión de los lncRNAs en la floración inducida por SA en lenteja de agua y proporcionan recursos valiosos para un análisis funcional más profundo en el futuro.