Identificación de nuevas isoformas de ARNm asociadas con la respuesta aguda al estrés por calor utilizando datos de secuenciación de ARN en ratas Sprague Dawley
Autores: Dou, Jinhuan; Sammad, Abdul; Cánovas, Angela; Schenkel, Flavio; Usman, Tahir; Muniz, Maria Malane Magalhães; Guo, Kaijun; Wang, Yachun
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Identificación de nuevas isoformas de ARNm asociadas con la respuesta aguda al estrés por calor utilizando datos de secuenciación de ARN en ratas Sprague Dawley
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Mecanismos moleculares
Tolerancia al estrés térmico
Isoformas de ARNm
Termorregulación
Análisis transcriptómico
Estrés térmico agudo
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 42
Citaciones: Sin citaciones
Los mecanismos moleculares subyacentes a la tolerancia al estrés térmico en los animales a altas temperaturas siguen siendo poco claros. Este estudio identificó los isoformas de mRNA expresadas diferencialmente que redujeron los marcadores DEG más confiables y las vías moleculares que subyacen a los mecanismos de termorregulación. Este experimento se realizó en ratas Sprague Dawley alojadas a 22 grados C (grupo de control; CT), y tres grupos de estrés térmico agudo alojados a 42 grados C durante 30 min (H30), 60 min (H60) y 120 min (H120). Anteriormente, demostramos que el estrés térmico agudo aumentó la temperatura rectal de las ratas, causó cambios anormales en los parámetros bioquímicos de la sangre, así como indujo cambios dramáticos en los niveles de expresión de genes a través de la epigenética y la regulación post-transcripcional. Se realizó un análisis transcriptómico utilizando datos de RNA-Sequencing (RNA-Seq) obtenidos previamente de sangre (CT y H120), hígado (CT, H30, H60 y H120) y glándulas suprarrenales (CT, H30, H60 y H120). Se identificaron y anotaron las isoformas de mRNA expresadas diferencialmente (DEIs) mediante el CLC Genomics Workbench. Se realizaron análisis de procesos biológicos y vías metabólicas utilizando la base de datos de Gene Ontology (GO) y la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG). Se observaron un total de 225, 5764 y 4988 DEIs en la sangre, hígado y glándulas suprarrenales, respectivamente. Además, el número de longitudes de transcritos expresados diferencialmente nuevos con genes anotados y transcritos expresados diferencialmente nuevos con genes no anotados fueron 136 y 8 en sangre, 3549 y 120 en el hígado, así como 3078 y 220 en glándulas suprarrenales, respectivamente. Aproximadamente 35 genes estaban involucrados en la respuesta al estrés térmico, de los cuales, , , , , , , , , , y fueron comúnmente identificados en el hígado y las glándulas suprarrenales, lo que sugiere que estos genes pueden regular la respuesta al estrés térmico a través de interacciones entre el hígado y las glándulas suprarrenales. En conclusión, este estudio mejoraría nuestra comprensión de los complejos mecanismos subyacentes al estrés térmico agudo, y las isoformas de mRNA y genes identificados pueden ser utilizados como candidatos potenciales para la selección de termotolerancia en mamíferos.
Descripción
Los mecanismos moleculares subyacentes a la tolerancia al estrés térmico en los animales a altas temperaturas siguen siendo poco claros. Este estudio identificó los isoformas de mRNA expresadas diferencialmente que redujeron los marcadores DEG más confiables y las vías moleculares que subyacen a los mecanismos de termorregulación. Este experimento se realizó en ratas Sprague Dawley alojadas a 22 grados C (grupo de control; CT), y tres grupos de estrés térmico agudo alojados a 42 grados C durante 30 min (H30), 60 min (H60) y 120 min (H120). Anteriormente, demostramos que el estrés térmico agudo aumentó la temperatura rectal de las ratas, causó cambios anormales en los parámetros bioquímicos de la sangre, así como indujo cambios dramáticos en los niveles de expresión de genes a través de la epigenética y la regulación post-transcripcional. Se realizó un análisis transcriptómico utilizando datos de RNA-Sequencing (RNA-Seq) obtenidos previamente de sangre (CT y H120), hígado (CT, H30, H60 y H120) y glándulas suprarrenales (CT, H30, H60 y H120). Se identificaron y anotaron las isoformas de mRNA expresadas diferencialmente (DEIs) mediante el CLC Genomics Workbench. Se realizaron análisis de procesos biológicos y vías metabólicas utilizando la base de datos de Gene Ontology (GO) y la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG). Se observaron un total de 225, 5764 y 4988 DEIs en la sangre, hígado y glándulas suprarrenales, respectivamente. Además, el número de longitudes de transcritos expresados diferencialmente nuevos con genes anotados y transcritos expresados diferencialmente nuevos con genes no anotados fueron 136 y 8 en sangre, 3549 y 120 en el hígado, así como 3078 y 220 en glándulas suprarrenales, respectivamente. Aproximadamente 35 genes estaban involucrados en la respuesta al estrés térmico, de los cuales, , , , , , , , , , y fueron comúnmente identificados en el hígado y las glándulas suprarrenales, lo que sugiere que estos genes pueden regular la respuesta al estrés térmico a través de interacciones entre el hígado y las glándulas suprarrenales. En conclusión, este estudio mejoraría nuestra comprensión de los complejos mecanismos subyacentes al estrés térmico agudo, y las isoformas de mRNA y genes identificados pueden ser utilizados como candidatos potenciales para la selección de termotolerancia en mamíferos.