Las gallinas Wenchang, una raza nativa de la provincia de Hainan en China, son famosas por la calidad de su carne y su adaptabilidad a las condiciones tropicales. Para una gestión y conservación efectivas, en el presente estudio, investigamos sistemáticamente las características de las variaciones genéticas y los tramos de homocigosis (ROH) a lo largo del genoma utilizando datos de secuenciación de genoma completo re-secuenciados de 235 gallinas Wenchang. Se identificaron un total de 16,511,769 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) y 53,506 segmentos de ROH en todos los individuos, y los ROH de las gallinas Wenchang estaban compuestos principalmente por segmentos cortos (0-1 megabases (Mb)). En promedio, el 5.664% del genoma se encontraba en segmentos de ROH en las muestras de gallinas Wenchang. Según varios parámetros, la diversidad genética de las gallinas Wenchang fue relativamente alta. El coeficiente de endogamia promedio de las gallinas Wenchang basado en , , y fue de 0.060 +/- 0.014, 0.561 +/- 0.020, y 0.0566 +/- 0.01, respectivamente. Se detectaron un total de 19 islas de ROH que contenían 393 genes en 9 autosomas diferentes. Algunos de estos genes se asociaron putativamente con el rendimiento de crecimiento (), resistencia al estrés (, ), características de la carne (, , y ), y deposición de grasa (, ). Estos hallazgos proporcionan una mejor comprensión del grado de endogamia en las gallinas Wenchang y la base hereditaria de las características moldeadas bajo selección. Estos resultados son valiosos para la futura cría, conservación y utilización de las gallinas Wenchang y otras razas de gallinas.