Las microalgas marinas son microorganismos fotosintéticos en la base de las redes alimentarias marinas. Se caracterizan por una enorme diversidad taxonómica y metabólica, y se ha demostrado que varias especies tienen bioactividades útiles para el tratamiento de patologías humanas. Sin embargo, los compuestos y las vías metabólicas responsables de la síntesis de compuestos bioactivos a menudo siguen siendo desconocidos. En este estudio, nuestro objetivo fue analizar los transcriptomas microalgales disponibles en la base de datos del Proyecto de Secuenciación de Transcriptomas Eucariotas Microbianos Marinos (MMETSP) en busca de homólogos de sintasas de poliquetida tipo III y, en particular, sintasa de chalcona (CHS) y sintasa de estibeno (STS), que a menudo se denominan familia CHS/STS. Estas enzimas fueron seleccionadas porque se sabe que producen compuestos con propiedades biológicas útiles para la salud humana, como quimioprevención del cáncer, antiinflamatorios, antioxidantes, antiangiogénicos, antivirales y antidiabéticos. Además, también buscamos 4-Coumarato: ligasa CoA, una enzima en la parte superior de la síntesis de chalconas y estibenos. Este estudio informa por primera vez sobre la ocurrencia de estas enzimas en taxones microalgales específicos, confirmando la importancia de estas vías para las microalgas y proporcionando nuevas perspectivas sobre la fisiología microalgal y posibles aplicaciones biotecnológicas para la producción de compuestos bioactivos.