El estrés por falta de luz provocará un crecimiento anormal de la soja y una reducción subsiguiente en el rendimiento. La cartografía de asociaciones es una alternativa útil a la cartografía de ligamiento para la detección de asociaciones marcador-fenotipo. Este estudio tuvo como objetivo evaluar accesiones de soja resistentes a la falta de luz e identificar marcadores asociados con la resistencia a la falta de luz. Evaluamos la altura de la planta, el diámetro del tallo, el número de vainas de frijol y la altura del cotiledón de las plantas de soja bajo condiciones de poca y normal luz. Estos rasgos se evaluaron en 185 accesiones de soja, y las accesiones 11HX-020, 11HX-025, 11HX-029, 11HX-064, 11HX-127, 11HX-166, 11HX-183 y 11HX-216 mostraron un rendimiento estable bajo condiciones de poca luz. Estas 185 accesiones fueron genotipadas con 639 marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) y 98 marcadores de repetición de secuencias simples (SSR). Se identificaron un total de 75 marcadores, es decir, rasgos asociados con la resistencia a la falta de luz. Estos marcadores asociados se distribuyeron en 14 grupos de ligamiento (LGs) de soja, y algunos marcadores estaban asociados con dos o más rasgos. Según los resultados, el excelente material de germoplasma y los marcadores relacionados con la resistencia a la falta de luz pueden ser utilizados para la cría de soja resistente a la falta de luz y ayudarán a identificar los genes de resistencia a la falta de luz.