La caña de azúcar es un cultivo importante para la producción de azúcar en todo el mundo. La complejidad del genoma de la caña de azúcar crea desafíos para el uso de métodos de mejoramiento convencionales y moleculares para mejorar la caña de azúcar a nivel genético. La secuenciación de ADN es una herramienta importante para evaluar cómo están relacionados entre sí el género y los géneros del complejo. Aquí, identificamos la parentela de Nepal2013-6 (= 10) utilizando un sistema de amplificación refractaria de mutación de cuatro cebadores (ARMS) PCR. Basándonos en el análisis de secuencia de ADNr-ITS, el acceso Nepal2013-6 cae dentro de un único grupo con (Yunnan82-114 y SES208), lo cual es consistente con los resultados previos. Además, los resultados de hibridación in situ por fluorescencia (FISH) indican que los puntos de ADNr 5S son consistentes con la ploidía cromosómica en los materiales analíticos, mientras que el ADNr 35S tiene sitios similares o menos que la ploidía. Por lo tanto, los patrones de FISH de ADNr 5S serían más adecuados que el ADNr 35S para el análisis de ploidía cromosómica en con número básico de cromosomas variado = 8, 9, 10. En conjunto, estos resultados indican que las secuencias de ADNr serán un marcador útil para identificar rápidamente la relación y la ploidía en el mejoramiento de la caña de azúcar.