El rábano (L.), un vegetal de raíz que pertenece a la familia Brassicaceae, se considera uno de los cultivos representativos que exhiben incompatibilidad autoesporofítica (SSI). La utilización de un sistema de incompatibilidad en la cría de F puede mejorar la eficiencia de las combinaciones cruzadas, lo que lleva a una reducción en el tiempo de cría y ayuda en el desarrollo de nuevas variedades de F. La implementación exitosa de este sistema requiere la identificación rápida y precisa de los haplotipos S en las líneas parentales. En este estudio, identificamos un total de nueve haplotipos S entre 22 líneas élite de rábano a través de secuenciación Sanger. Posteriormente, obtuvimos secuencias que mostraban un 95% de similitud con nueve haplotipos S, junto con secuencias identificadas por otros investigadores utilizando BLAST. A continuación, se realizó un alineamiento de secuencias múltiples (MSA) para identificar similitudes de secuencias, así como polimorfismos dentro de los grupos I y II. Posteriormente, se desarrollaron conjuntos de marcadores específicos de haplotipos S, dirigidos a regiones polimórficas de y alelos. Estos marcadores amplificaron con éxito cada uno de los nueve haplotipos S. Estos marcadores jugarán un papel crucial en la identificación rápida y precisa de los haplotipos S parentales en el proceso de cría de rábano F, demostrando ser instrumentales en la prueba de pureza de rábano F.