El fondo: es un parásito protozoario zoonótico distribuido globalmente en humanos y animales. La infección es generalizada en el ganado lechero, especialmente en los terneros, lo que resulta en enteritis neonatal, pérdidas de producción y alta mortalidad. Sin embargo, la ocurrencia de spp. en terneros antes y después del destete en la provincia de Yunnan sigue siendo incierta. Métodos: recolectamos 498 muestras fecales de terneros Holstein en 10 granjas diferentes en cuatro regiones de la provincia de Yunnan. Se utilizaron PCR anidada y secuenciación de ADN para determinar la infección, especies y genotipos de spp. en estos animales. Resultados: La ocurrencia general de spp. en terneros Holstein fue del 32.9% (164/498), y la prevalencia en terneros antes y después del destete fue del 33.5% (106/316) y 31.9% (58/182), respectivamente. Se identificaron cuatro especies en estos animales, a saber ( = 119), ( = 23), ( = 20) y ( = 2). Basado en el análisis de secuenciación del gen de la glicoproteína de 60 kDa de , y , se identificaron seis subtipos de (XXVIe, XXVIb, XXVIf, XXVIa XXVIc y XXVId), dos subtipos de (IIdA19G1 y IIdA18G1) y cuatro subtipos de (XXIf, XXId, XXIe y XXIg). Conclusiones: Estos resultados proporcionan información esencial para entender la tasa de infección, la diversidad de especies y la estructura genética de las poblaciones de spp. en terneros Holstein antes y después del destete en la provincia de Yunnan. Además, la presencia de IIdA18G1 e IIdA19G1 implica preocupaciones significativas para la salud animal y pública, lo que requiere mayor atención y más medidas preventivas.