La forma de la bandera de arroz afecta el rendimiento del arroz. Por lo tanto, la detección de loci de rasgos cuantitativos (QTL) y alelos relacionados con la forma de la bandera de arroz es de gran importancia para la mejora del rendimiento del arroz. Por lo tanto, en 2019 y 2020, llevamos a cabo un estudio de asociación a nivel genómico de la longitud de la bandera (FLL), el ancho de la bandera (FLW), la relación longitud-anchura de la bandera (FLR) y el área de la bandera (FLA), considerando 1,3 millones de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en 173 accesiones de arroz, con el fin de investigar los efectos de varios genes en la forma de la bandera. Se encontró una abundancia de variación fenotípica, con respecto a los cuatro parámetros de forma de la bandera de estas accesiones. Identificamos una posición significativa de SNP asociada con FLL y FLR en el cromosoma 5 y una posición significativa de SNP asociada con FLW en el cromosoma 2, que se detectaron en ambos años del período de estudio a través del modelo lineal general (GLM) y del modelo lineal mixto (MLM). Además, se encontraron tres genes candidatos -, y -, que posiblemente estén significativamente relacionados con la forma de la bandera en el arroz. El análisis de haplotipos indicó que está altamente asociado con la longitud de la bandera y la relación longitud-anchura de la bandera, está altamente asociado con la longitud de la bandera y está altamente asociado con el ancho de la bandera. Nuestros resultados proporcionan información genética importante para la mejora molecular de la forma de la bandera de arroz, sentando las bases para la clonación y la cría asistida por métodos moleculares de genes de la bandera.