Los árboles frutales y otros perennes leñosos frutales son económicamente valiosos, y hay interés en desarrollar variedades mejoradas. Se están utilizando enfoques de cría convencional y biotecnología con el objetivo de desarrollar cultivares avanzados. Un mayor conocimiento de la efectividad y eficiencia de los enfoques biotecnológicos puede ayudar a guiar el uso de la tecnología de edición genética CRISPR. Aquí, examinamos la edición del genoma dirigida por CRISPR-Cas9 en el valioso árbol frutal x (manzana doméstica). Transformamos dos cultivares con construcciones duales de CRISPR-Cas9 diseñadas para dirigirse a dos genes similares simultáneamente. El objetivo principal era determinar la efectividad de este enfoque para lograr cambios en los genes objetivo. Obtuvimos 6 controles de Cas9 y 38 eventos independientes de CRISPR-Cas9. De los 38 eventos de CRISPR-Cas9, 34 (89%) tenían ediciones de genes y 14 (37%) mostraron cambios en todos los alelos de ambos genes objetivo. El cambio más común fueron grandes deleciones, que estaban presentes en el 59% de todos los alelos cambiados, seguidas de pequeñas deleciones (21%), pequeñas inserciones (12%) y una combinación de pequeñas inserciones y deleciones (8%). En general, se encontró una alta tasa de alteraciones genéticas exitosas. Muchos de estos cambios se predice que causarán desplazamientos de marco y alteraciones en los péptidos predichos. El trabajo futuro incluirá el monitoreo del desarrollo floral y la forma floral.