La mancha bacteriana del panículo (BPB) y la mancha de la vaina (SB) son enfermedades importantes del arroz y pocos cultivares han mostrado un alto nivel de resistencia a estas enfermedades. Se investigó una población de líneas recombinantes endogámicas (RIL) desarrollada a partir de los cultivares estadounidenses Jupiter (moderadamente resistente) y Trenasse (susceptible) para identificar loci asociados con la resistencia parcial a las enfermedades BPB y SB. Se evaluaron los fenotipos de enfermedad en BPB y SB, así como el rasgo de días hasta la espigación (DTH), en el campo. DTH se correlacionó con las enfermedades BPB y SB, mientras que BPB se correlacionó positivamente con SB en los ensayos de campo con esta población RIL. Se realizó genotipificación utilizando ensayos de PCR específica de alelos competitivos (KASP) y análisis de secuenciación de genoma completo (WGS). El mapeo de locus de rasgos cuantitativos (QTL) y el análisis de segregantes masivos utilizando un conjunto de datos de WGS (QTL-seq) detectaron un QTL importante en el brazo superior del cromosoma 3 para los rasgos de BPB, SB y DTH dentro de la posición de 1.0-1.9 Mb. También se identificaron QTL adicionales asociados con BPB y SB de otros cromosomas mediante el análisis QTL-seq. Los QTL identificados en este estudio contienen al menos nueve genes candidatos que se predice que tienen funciones biológicas en defensa o floración. Estos hallazgos proporcionan una visión de la naturaleza compleja de la resistencia cuantitativa a BPB y SB, que también puede estar estrechamente vinculada al rasgo de floración.