Grandes cantidades de fertilizante de nitrógeno se aplican anualmente para mejorar el rendimiento de la soja. Sin embargo, el uso excesivo de fertilizantes de nitrógeno ha resultado en una importante contaminación ambiental. La fijación biológica de nitrógeno es un método ecológico y respetuoso con el medio ambiente para aumentar el rendimiento de la soja. Sin embargo, la vía de señalización y la función de los genes en el huésped de la planta regulados por los rizobios bajo la relación simbiótica permanecen desconocidos. En este estudio, se identificó la región cromosómica en la soja que responde a HH103 utilizando líneas de segmento cromosómico sustituido producidas a partir de un cruce entre la soja cultivada SN14 y la soja silvestre Zyd00006. Además, se identificaron genes candidatos asociados con rasgos de nodulación y regulados por HH103. En total, se identificaron tres loci de rasgos cuantitativos (QTLs) que contienen 68 genes en los cromosomas 02, 05 y 20. Los genes diferencialmente expresados entre las regiones QTL fueron determinados utilizando RNA-seq y qRT-PCR. , un posible gen que responde a HH103 y regula positivamente la nodulación de la soja, fue identificado. Para explorar las relaciones entre los haplotipos y los fenotipos de nodulación de la soja, se investigaron SNPs encontrados en las áreas regulatorias del haplotipo. Nuestro estudio reveló el papel de en la simbiosis y proporcionó una referencia para facilitar la fijación simbiótica de nitrógeno en el campo y para la selección asistida por marcadores.