Desarrollo de un Transcriptoma de Referencia e Identificación de Genes Diferencialmente Expresados Relacionados con el Estrés Salino en la Hierba de Marisma Salina () a lo largo de las Regiones Costeras de Delaware
Autores: Todd, Antonette; Bhide, Ketaki; Hayford, Rita; Ayyappan, Vasudevan; Subramani, Mayavan; Chintapenta, Lathadevi Karuna; Thimmapuram, Jyothi; Ozbay, Gulnihal; Kalavacharla, Venu (Kal)
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Desarrollo de un Transcriptoma de Referencia e Identificación de Genes Diferencialmente Expresados Relacionados con el Estrés Salino en la Hierba de Marisma Salina () a lo largo de las Regiones Costeras de Delaware
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Hierba de marisma salada
Regiones costeras de Delaware
Prevención de la erosión
Filtrado de nutrientes
Tolerancia a la sal
Expresión génica
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
La hierba de marisma salada juega un papel crucial en las regiones costeras de Delaware al servir como una barrera física entre la tierra y el agua a lo largo de las bahías interiores y las playas. Esta vegetación ayuda a estabilizar la línea de costa y prevenir la erosión, protegiendo la tierra de las poderosas fuerzas de las olas y las mareas. Además de proporcionar una barrera física, la hierba de marisma salada es responsable de filtrar nutrientes en el agua, ofreciendo un ambiente para especies acuáticas y presentando un punto focal de estudio para la alta tolerancia a la sal en las plantas. A medida que las concentraciones de agua de mar varían a lo largo de la costa de Delaware de baja a media y alta salinidad, nuestro estudio busca identificar el impacto de la tolerancia a la sal en la hierba de marisma y identificar genes asociados con los niveles de tolerancia a la sal. Desarrollamos más de 211,000 lecturas transcriptómicas de secuenciación de nueva generación (Illumina) para crear un transcriptoma de referencia a partir de muestras de hojas de hierba de marisma de baja, media y alta salinidad recolectadas de la costa de Delaware. Las secuencias contiguas fueron anotadas en base a una búsqueda de homología utilizando BLASTX contra arroz, mijo de cola de zorro y especies no redundantes dentro de la base de datos Viridiplantae. Además, identificamos genes expresados diferencialmente relacionados con el estrés por salinidad como candidatos para el análisis de qPCR de estrés por sal. Los datos generados a partir de este estudio pueden ayudar a elucidar las firmas genéticas y las respuestas fisiológicas de las plantas al estrés por salinidad, ofreciendo así una valiosa perspectiva sobre el uso de enfoques innovadores para estudios de expresión génica en cultivos que son menos tolerantes a la sal.
Descripción
La hierba de marisma salada juega un papel crucial en las regiones costeras de Delaware al servir como una barrera física entre la tierra y el agua a lo largo de las bahías interiores y las playas. Esta vegetación ayuda a estabilizar la línea de costa y prevenir la erosión, protegiendo la tierra de las poderosas fuerzas de las olas y las mareas. Además de proporcionar una barrera física, la hierba de marisma salada es responsable de filtrar nutrientes en el agua, ofreciendo un ambiente para especies acuáticas y presentando un punto focal de estudio para la alta tolerancia a la sal en las plantas. A medida que las concentraciones de agua de mar varían a lo largo de la costa de Delaware de baja a media y alta salinidad, nuestro estudio busca identificar el impacto de la tolerancia a la sal en la hierba de marisma y identificar genes asociados con los niveles de tolerancia a la sal. Desarrollamos más de 211,000 lecturas transcriptómicas de secuenciación de nueva generación (Illumina) para crear un transcriptoma de referencia a partir de muestras de hojas de hierba de marisma de baja, media y alta salinidad recolectadas de la costa de Delaware. Las secuencias contiguas fueron anotadas en base a una búsqueda de homología utilizando BLASTX contra arroz, mijo de cola de zorro y especies no redundantes dentro de la base de datos Viridiplantae. Además, identificamos genes expresados diferencialmente relacionados con el estrés por salinidad como candidatos para el análisis de qPCR de estrés por sal. Los datos generados a partir de este estudio pueden ayudar a elucidar las firmas genéticas y las respuestas fisiológicas de las plantas al estrés por salinidad, ofreciendo así una valiosa perspectiva sobre el uso de enfoques innovadores para estudios de expresión génica en cultivos que son menos tolerantes a la sal.