La calidad de molienda afecta directamente la eficiencia de producción en el arroz, que está estrechamente relacionada con la recuperación de arroz integral (BRR), la recuperación de arroz blanco (MRR) y la recuperación de arroz blanco de cabeza (HMRR). El presente estudio investigó estos tres rasgos en 173 germoplasmas en dos entornos, encontrando una abundante variación fenotípica. Se identificaron tres QTLs para BRR, dos para MRR y tres para HMRR en un estudio de asociación a nivel genómico, cinco de estos fueron identificados en QTLs reportados previamente y tres fueron recién identificados. Al combinar los análisis de desequilibrio de ligamiento (LD), se identificó el gen candidato. Tenía dos haplotipos con diferencias significativas y Hap 2 aumentó el BRR en un 4.40%. Los resultados del qRT-PCR mostraron que la expresión en accesiones de pequeño-BRR fue significativamente mayor que en accesiones de gran-BRR en las Etapas 4-5 del desarrollo de la panoja joven, alcanzando el valor máximo en la Etapa 5. El aumento en el grosor de las cáscaras de espiguillas de la accesión portadora ocurrió debido a un aumento en el ancho celular y el número de células en secciones transversales de las cáscaras de espiguillas. Estos resultados ayudan a aclarar aún más el mecanismo genético molecular de los rasgos relacionados con la calidad de molienda y proporcionan materiales de germoplasma genético para la cría de alta calidad en arroz.