El selenio (Se) es un elemento traza esencial para la salud humana, y la ingesta dietética de Se es un suplemento efectivo. Rico en nutrientes y componentes funcionales con potencial para el enriquecimiento de Se, el trigo sarraceno tartárico ( (L.) Gaertn.) es un cereal biofortificado con Se. Para determinar la concentración óptima de tratamiento con Se y comprender completamente sus efectos en el trigo sarraceno tartárico, se pulverizó selenito de sodio (NaSeO) en diferentes concentraciones sobre las hojas del trigo sarraceno tartárico en la etapa inicial de floración. Se analizaron rasgos agronómicos y relacionados con el rendimiento y el enriquecimiento de Se entre CK y los tratamientos. Los resultados mostraron que las concentraciones de NaSeO de 3.0 y 6.0 mg/L aumentaron significativamente los contenidos de Se y almidón en los granos, el peso de 1000 granos, el número de granos por planta y el rendimiento. El tratamiento de 6.0 mg/L tuvo el mejor efecto. Los análisis de transcriptoma y de redes de coexpresión génica ponderada mostraron que el selenito promovió la síntesis de clorofila y el transporte de fotoelectrones al regular al alza los niveles de sintasa de clorofila (CHLG) y de la proteína CURVATURE THYLAKOID 1B (CURT1B), mejorando la fotosíntesis, aumentando la síntesis y el transporte de sacarosa en las hojas y la síntesis y acumulación de almidón en los granos, y promoviendo el llenado de granos y el rendimiento. Estos cambios fueron regulados por genes relacionados con la fotosíntesis, la sacarosa y genes relacionados con el metabolismo del almidón, incluyendo , , , , , , y . La absorción de selenito en el trigo sarraceno tartárico fue regulada por genes de acuaporina y . El transporte de selenito fue regulado por el gen transportador de fosfato inorgánico , y el transporte de Se orgánico fue controlado por los transportadores de oligopeptidos dependientes de protones NPF3.1 y NPF4.6. La metionina gamma-liasa (MGL) estuvo involucrada en el metabolismo de selenocompuestos. Este estudio identificó el mejor esquema de pulverización para aumentar el contenido de Se en los granos. También reveló los genes reguladores que responden a la absorción, transporte y metabolismo del selenito y las vías regulatorias que promueven el rendimiento en el trigo sarraceno tartárico. Estos resultados proporcionan orientación técnica y apoyo teórico para producir trigo sarraceno tartárico de alto rendimiento y enriquecido con Se.