La siembra profunda es una estrategia eficiente para el maíz que asegura la tasa de emergencia de plántulas en condiciones adversas como sequía o bajas temperaturas. Sin embargo, la base genética de los rasgos relacionados con la tolerancia a la siembra profunda en el maíz sigue siendo en gran medida desconocida. En este estudio, realizamos un estudio de asociación a nivel genómico sobre rasgos relacionados con la tolerancia a la siembra profunda, incluyendo la longitud del mesocotilo (ML), la longitud de la coleóptilo (CL), la longitud de la plántula (PL), la longitud del brote (SL) y la longitud de la raíz primaria (PRL), utilizando 255 líneas inbred de maíz cultivadas en tres entornos diferentes. Identificamos 23, 6, 4 y 4 loci de rasgos cuantitativos (QTL) asociados con ML, CL, PL y SL, respectivamente. Al analizar los genes candidatos dentro de estos QTL, encontramos una proteína compleja que contiene -tubulina, que estaba significativamente asociada con ML, PL y SL. La pérdida de función de resultó en una disminución de PL, posiblemente al afectar la elongación celular, afectando así SL. Además, identificamos haplotipos superiores y variaciones alélicas de con una PL y SL más largas, que pueden ser útiles para criar variedades con tolerancia a la siembra profunda para mejorar el cultivo de maíz.