El estrés salino es una limitación importante en la producción de arroz en todo el mundo. Se estima que el estrés salino causa pérdidas anuales del 30-50% en la producción de arroz. Descubrir y desplegar genes de resistencia a la sal son las formas más efectivas de controlar el estrés salino. Realizamos un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) para detectar QTLs relacionados con la tolerancia a la sal en la etapa de plántula utilizando la población de intercruce de generaciones avanzadas multiparentales (MAGIC). Se identificaron cuatro QTLs asociados con la tolerancia a la sal en los cromosomas 1, 2 y 9. Entre estos QTLs, un nuevo QTL fue localizado entre SNPs flanqueantes en el cromosoma 1, con el mayor valor de -log10(P) de 5.81 y una varianza fenotípica total del 15.2%. El análisis de RNA-seq reveló que entre los siete genes diferencialmente expresados (DEGs) comúnmente identificados en P6 y JM298 que muestran tolerancia a la sal, dos genes sobreexpresados, relacionados con la tolerancia a la sal y la sequía, también estaban involucrados en la región objetivo del QTL. Los resultados de este estudio pueden proporcionar información para una mejor comprensión de los mecanismos de tolerancia a la sal y el desarrollo de marcadores de ADN para la selección asistida por marcadores (MAS) en la mejora de la tolerancia a la sal de las variedades en los programas de mejoramiento de arroz.