El arroz es un alimento básico para más de la mitad de la población mundial. Sin embargo, el problema generalizado de la salinidad está socavando gravemente la producción de arroz, especialmente en áreas costeras y de baja altitud donde la salinización del suelo es común. Este estrés, agravado por el cambio climático, requiere el desarrollo de variedades de arroz tolerantes a la sal para garantizar la seguridad alimentaria. En este estudio, se utilizó una población F (n = 454) de un cruce de KDML105 y su línea de sustitución de segmento cromosómico (CSSL) para identificar regiones genómicas asociadas con la tolerancia a la sal en la etapa de plántula. Utilizando el enfoque de QTL-seq, se identificó un QTL significativamente asociado con la tolerancia a la sal en el cromosoma 1. La anotación de genes candidatos en esta región reveló los posibles reguladores de la tolerancia a la sal, incluidas las proteínas del dominio MADS tipo MIKC, factores de transcripción que se unen a la calmodulina y proteínas que contienen el dominio NB-ARC. Estos y otros genes identificados proporcionan información sobre la base genética de la tolerancia a la sal. Este estudio subraya la importancia de utilizar herramientas genómicas avanzadas y poblaciones CSSL en el estudio de rasgos complejos como la tolerancia a la sal en el arroz. Varios genes candidatos identificados en este estudio podrían ser utilizados en estudios posteriores sobre mecanismos moleculares o fisiológicos relacionados con la respuesta y mecanismo de tolerancia a la sal en el arroz. Además, estos genes también podrían ser utilizados en programas de mejoramiento de plantas para la tolerancia a la sal.