La sequía es el principal estrés abiótico que limita la producción de soja a nivel mundial y limita seriamente el crecimiento reproductivo de la soja. Para dilucidar los mecanismos moleculares de la respuesta al estrés por sequía en las etapas de desarrollo de la semilla de soja, se realizó un análisis del transcriptoma en cinco etapas de desarrollo de la semilla bajo condiciones de sequía y control. Se encontró que miles de genes cambiaron su nivel de expresión bajo estrés por sequía, el análisis de enriquecimiento de GO y KEGG mostró que los genes diferencialmente expresados (DEGs) estaban involucrados en la resistencia a la sequía en cada etapa o tejido, pero hubo muy pocos DEGs en la etapa primaria del desarrollo de la semilla, lo que indicó que las semillas en la etapa de desarrollo primaria fueron poco influenciadas por el estrés por sequía. No hubo DEGs compartidos entre las cinco etapas o tejidos, lo que indica que tienen diferentes mecanismos para resistir el estrés por sequía. Además, investigamos los DEGs asociados con la respuesta a la sequía en diferentes etapas para identificar reguladores candidatos de la respuesta al estrés por sequía durante el desarrollo de la semilla de soja. Estos genes están asociados con redes metabólicas y regulatorias, entre otros. En conjunto, los resultados ampliarán nuestra comprensión de la adaptación de la soja al estrés por sequía y proporcionarán nuevas ideas sobre los mecanismos moleculares del desarrollo de la tolerancia de la soja a la sequía.