Identificación y caracterización de genes candidatos que contribuyen a un QTL de rendimiento de grano en trigo
Autores: Saieed, Md Atik Us; Zhao, Yun; Islam, Shahidul; Ma, Wujun
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Identificación y caracterización de genes candidatos que contribuyen a un QTL de rendimiento de grano en trigo
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Genes candidatos
QTL de rendimiento de grano
Población de haploides dobles
Marcadores SNP
Anotación de genes
Expresión génica.
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 11
Citaciones: Sin citaciones
El estudio actual se centra en identificar los genes candidatos de un QTL de rendimiento de grano de una población de haploides dobles, Westonia x Kauz. La región del QTL abarca 20 Mbp en el flanco de la secuencia del genoma completo del IWGSC con marcadores SNP de 90K. La anotación de genes del IWGSC reveló 16 genes de alta confianza y 41 genes de baja confianza. Los enfoques bioinformáticos, que incluyen la anotación funcional de genes, la investigación de ontología, la exploración de rutas y el estudio de redes de genes utilizando datos de expresión génica disponibles públicamente, permitieron la selección de cuatro genes para una confirmación adicional. La secuenciación completa de esos cuatro genes demostró que solo dos genes son polimórficos entre los cultivares parentales, que son el gen de proteína similar a -like y el gen de proteína -repeat (). Los dos genes fueron seleccionados para una investigación posterior. Se observaron dos variaciones SNP en el exón de ambos genes, con un SNP resultando en cambios en la secuencia de aminoácidos. La expresión génica basada en qPCR mostró que ambos genes estaban altamente expresados en las líneas de haploides dobles de alto rendimiento junto con el cultivar parental Westonia. En contraste, su expresión fue significativamente más baja en las líneas de bajo rendimiento en el otro padre. Se puede concluir que estos dos genes son los genes contribuyentes al QTL de rendimiento de grano.
Descripción
El estudio actual se centra en identificar los genes candidatos de un QTL de rendimiento de grano de una población de haploides dobles, Westonia x Kauz. La región del QTL abarca 20 Mbp en el flanco de la secuencia del genoma completo del IWGSC con marcadores SNP de 90K. La anotación de genes del IWGSC reveló 16 genes de alta confianza y 41 genes de baja confianza. Los enfoques bioinformáticos, que incluyen la anotación funcional de genes, la investigación de ontología, la exploración de rutas y el estudio de redes de genes utilizando datos de expresión génica disponibles públicamente, permitieron la selección de cuatro genes para una confirmación adicional. La secuenciación completa de esos cuatro genes demostró que solo dos genes son polimórficos entre los cultivares parentales, que son el gen de proteína similar a -like y el gen de proteína -repeat (). Los dos genes fueron seleccionados para una investigación posterior. Se observaron dos variaciones SNP en el exón de ambos genes, con un SNP resultando en cambios en la secuencia de aminoácidos. La expresión génica basada en qPCR mostró que ambos genes estaban altamente expresados en las líneas de haploides dobles de alto rendimiento junto con el cultivar parental Westonia. En contraste, su expresión fue significativamente más baja en las líneas de bajo rendimiento en el otro padre. Se puede concluir que estos dos genes son los genes contribuyentes al QTL de rendimiento de grano.