Este estudio tuvo como objetivo descubrir los loci de rasgos cuantitativos (QTL) asociados con un alto contenido de proteína en semillas de soja y desentrañar los posibles genes candidatos. Desarrollamos dos poblaciones de líneas recombinantes endogámicas: YS y SI, cruzando Saedanbaek (alta proteína) con YS2035-B-91-1-B-1 (baja proteína) y Saedanbaek con Ilmi (baja proteína), respectivamente, y evaluamos el contenido de proteína durante tres años consecutivos. Utilizando mapas de ligamiento basados en marcadores de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), se localizaron cuatro QTL en los cromosomas 15, 18 y 20 con altos valores de logaritmo de probabilidades (5.9-55.0), contribuyendo con un 5.5-66.0% de la varianza fenotípica. En los tres años experimentales, fueron estables e identificados en posiciones superpuestas en las poblaciones YS y SI, respectivamente. Además, se identificaron QTL novedosos en los cromosomas 15 y 18. Considerando la variación de secuencia alélica entre las líneas parentales, se identificaron 28 genes anotados relacionados con la proteína de semillas de soja, incluidos genes relacionados con la biosíntesis de almidón, lípidos y ácidos grasos, dentro de las regiones de QTL. Estos genes podrían afectar potencialmente la acumulación de proteínas durante el desarrollo de las semillas, así como el metabolismo de la sacarosa y el aceite. En general, este estudio ofrece información sobre los mecanismos genéticos subyacentes a un alto contenido de proteína en la soja. Los genes candidatos potenciales identificados pueden ayudar en la selección asistida por marcadores para desarrollar líneas de soja con un mayor contenido de proteína.