La resistencia a la mancha foliar de la Septoria tritici (STB) es un rasgo económicamente importante en muchos programas de mejoramiento de trigo en todo el mundo. Varios loci de rasgos cuantitativos (QTL) para la resistencia a STB fueron identificados en el trigo, pero debido a la dinámica población de patógenos, es necesario identificar continuamente nuevos genes/QTL de resistencia y determinar el mecanismo subyacente de resistencia. En este trabajo, integramos el mapeo de QTL y el perfilado del transcriptoma para identificar genes candidatos subyacentes a QTL asociados con la resistencia a STB en trigo panadero en la etapa de plántula. Los resultados revelaron cuatro QTL en los cromosomas 1BS, 1BL, 3AS y 3DL para la resistencia a STB. Entre estos, dos QTL en 2BL y 3DL se mapearon para clorosis, necrosis y picnidios, mientras que los otros dos en 1BS y 3AS estaban asociados con necrosis y picnidios. De los cuatro QTL identificados, se identificaron genes en tres QTL (1BS, 2BL y 3DL). En total, 238 genes expresados diferencialmente (DEGs) se localizaron en la región del QTL 1BS, 16 DEGs en 2BL y 80 DEGs en 3DL respectivamente. La proteína F-box, los genes de resistencia a enfermedades NBS-LRR y la quinasa de proteína similar a receptor fueron los más representados. Los resultados enfatizan la importancia de integrar el análisis de QTL y transcriptoma para acelerar la identificación de genes clave subyacentes a los rasgos de interés.