Los trastornos fisiológicos afectan el rendimiento y la calidad de la fruta comercializable en el tomate. La fruta hinchada, causada por cavidades dentro del lóculo, puede ser problemática para la calidad de procesamiento y del mercado fresco. En este trabajo, utilizamos una línea recombinante endogámica (RIL) y tres poblaciones de tomate de procesamiento derivadas para mapear y validar loci de rasgos cuantitativos (QTL) para la hinchazón de la fruta en diferentes entornos. Se utilizó el mapeo de intervalos binarios para mapear la incidencia de la hinchazón de la fruta, y el mapeo de intervalos no paramétrico y el mapeo de intervalos compuestos paramétricos se utilizaron para mapear la severidad. Se llevaron a cabo regresiones de marcadores-rasgos para validar los QTL putativos en cruces posteriores. Se detectaron QTL en los cromosomas (Chr) 1, 2 y 4. Solo el QTL en Chr 1 fue validado en la descendencia de cruces posteriores. Este QTL explicó hasta el 22.5% de la varianza en el porcentaje de fruta hinchada, con una interacción significativa entre los loci en Chr 2 y 4, aumentando el porcentaje de fruta hinchada en un 15% adicional. El alelo responsable de la fruta hinchada en Chr 1 fue heredado del progenitor FG02-188 y fue dominante hacia una mayor incidencia y severidad. La selección asistida por marcadores (MAS) para el QTL en Chr 1 fue tan eficiente como la selección genómica (GS) en la reducción de la incidencia y severidad de la fruta hinchada, a pesar de la posible contribución de otros loci.