Mientras viajaban a través del epidídimo, los espermatozoides inmaduros de oveja experimentan una secuencia de procesos que, en última instancia, les otorgan la capacidad de nadar y fertilizar un óvulo. Se pueden encontrar diferentes patrones de expresión génica en el caput, corpus y cauda epididimaria, confiriendo roles biológicos variantes o únicos durante el desarrollo del epidídimo y la maduración del esperma. Para buscar genes candidatos asociados con la maduración del esperma ovino y evaluar sus posibles mecanismos moduladores, caracterizamos la expresión génica en cada segmento epididimario derivado de ovejas tibetanas pre y post pubertales mediante secuenciación de ARN. En comparación con la prepubertad, se encontraron 7730 (3724 regulados al alza y 4006 regulados a la baja), 7516 (3909 regulados al alza y 3607 regulados a la baja) y 7586 (4115 elevados y 3471 regulados a la baja) genes que se expresaron diferencialmente en el caput, corpus y cauda epididimaria postpuberal, respectivamente, y la PCR cuantitativa en tiempo real verificó la validez de los patrones de expresión recopilados. Basado en sus anotaciones funcionales, la mayoría de los genes diferenciales fueron asignados a los procesos biológicos y vías asociadas con la proliferación celular, diferenciación, respuesta inmune o actividades metabólicas. En cuanto al epidídimo postpuberal, 2801, 197 y 186 genes se expresaron específicamente en el caput, corpus y cauda, respectivamente. La anotación funcional reveló que estaban principalmente enriquecidos en varios procesos biológicos distintos asociados con la reproducción (incluyendo la unión del esperma a la zona pelúcida en el caput; fertilización en el caput y corpus; y meiosis en el caput y cauda) y el desarrollo (como la diferenciación celular y la maduración del desarrollo en el caput; proliferación celular y metabolismo en el corpus; y regulación del tamaño del tubo y división celular/ciclo celular en la cauda). Además, nos centramos en la identificación de genes implicados en la inmunidad y la maduración del esperma, y el posterior análisis de enriquecimiento funcional reveló que los genes relacionados con la inmunidad participaron principalmente en los procesos biológicos o vías asociadas con la barrera inmune (como JAM3 e ITGA4/6/9) y la inmunosupresión (como TGFB2, TGFBR1, TGFBR2 y SMAD3), protegiendo así a los espermatozoides autoinmunogénicos. Además, la maduración del esperma fue controlada principalmente por genes vinculados con procesos celulares, incluyendo crecimiento celular, proliferación, división, migración, morfogénesis y unión. En conjunto, estos resultados sugieren que la mayoría de los genes se expresaron diferencialmente en regiones epididimarias en desarrollo para contribuir al desarrollo del microambiente y la maduración del esperma. Estos hallazgos nos ayudan a comprender mejor la biología epididimaria, incluyendo las vías de maduración del esperma y las diferencias funcionales entre las regiones epididimarias en ovejas tibetanas y otras razas de ovejas.