Identificación de Genes Prominentes entre Modelos de Glioblastoma 3D y Muestras Clínicas a través del Análisis de Datos de GEO/TCGA/CGGA
Autores: Phon, Brandon Wee Siang; Bhuvanendran, Saatheeyavaane; Ayub, Qasim; Radhakrishnan, Ammu Kutty; Kamarudin, Muhamad Noor Alfarizal
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Identificación de Genes Prominentes entre Modelos de Glioblastoma 3D y Muestras Clínicas a través del Análisis de Datos de GEO/TCGA/CGGA
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Cambio de paradigma
Evaluaciones preclínicas
Cultivos en 3D
Medicamentos para el GBM
Bancos de datos genómicos
Transición epitelial a mesenquimal
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 18
Citaciones: Sin citaciones
Un cambio de paradigma en las evaluaciones preclínicas de nuevos fármacos anticancerígenos para el GBM debería ocurrir a favor de cultivos en 3D. Este estudio aprovechó los vastos bancos de datos genómicos para investigar la idoneidad de los cultivos en 3D como modelos basados en células para el GBM. Hipotetizamos que correlacionar genes que están altamente regulados en modelos de GBM en 3D tendrá un impacto en los pacientes con GBM, lo que apoyará a los cultivos en 3D como modelos preclínicos más confiables para el GBM. Utilizando muestras clínicas de tejido cerebral de individuos sanos y pacientes con GBM de The Cancer Genome Atlas (TCGA), Gene Expression Omnibus (GEO), Chinese Glioma Genome Atlas (CGGA) y Genotype-Tissue Expression (GTEx), se encontraron varios genes relacionados con vías como genes relacionados con la transición epitelial a mesenquimal (EMT), genes relacionados con la angiogénesis/migración, genes relacionados con la hipoxia, genes relacionados con la "stemness" y genes involucrados en la vía de señalización Wnt que estaban regulados al alza en muestras cerebrales de pacientes con GBM, y la expresión de estos genes también se vio aumentada en células de GBM en 3D. Además, los genes relacionados con EMT estaban regulados al alza en arquetipos de GBM (tipo salvaje) que históricamente tienen peores respuestas al tratamiento, siendo dichos genes predictores significativos de una menor supervivencia en la cohorte de TCGA. Estos hallazgos reforzaron la hipótesis de que los cultivos de GBM en 3D pueden ser utilizados como modelos confiables para estudiar las transiciones epiteliales a mesenquimatosas aumentadas en muestras clínicas de GBM.
Descripción
Un cambio de paradigma en las evaluaciones preclínicas de nuevos fármacos anticancerígenos para el GBM debería ocurrir a favor de cultivos en 3D. Este estudio aprovechó los vastos bancos de datos genómicos para investigar la idoneidad de los cultivos en 3D como modelos basados en células para el GBM. Hipotetizamos que correlacionar genes que están altamente regulados en modelos de GBM en 3D tendrá un impacto en los pacientes con GBM, lo que apoyará a los cultivos en 3D como modelos preclínicos más confiables para el GBM. Utilizando muestras clínicas de tejido cerebral de individuos sanos y pacientes con GBM de The Cancer Genome Atlas (TCGA), Gene Expression Omnibus (GEO), Chinese Glioma Genome Atlas (CGGA) y Genotype-Tissue Expression (GTEx), se encontraron varios genes relacionados con vías como genes relacionados con la transición epitelial a mesenquimal (EMT), genes relacionados con la angiogénesis/migración, genes relacionados con la hipoxia, genes relacionados con la "stemness" y genes involucrados en la vía de señalización Wnt que estaban regulados al alza en muestras cerebrales de pacientes con GBM, y la expresión de estos genes también se vio aumentada en células de GBM en 3D. Además, los genes relacionados con EMT estaban regulados al alza en arquetipos de GBM (tipo salvaje) que históricamente tienen peores respuestas al tratamiento, siendo dichos genes predictores significativos de una menor supervivencia en la cohorte de TCGA. Estos hallazgos reforzaron la hipótesis de que los cultivos de GBM en 3D pueden ser utilizados como modelos confiables para estudiar las transiciones epiteliales a mesenquimatosas aumentadas en muestras clínicas de GBM.