El estrés por sequía representa una amenaza significativa para la producción de arroz, lo que hace necesario identificar los genes asociados con la tolerancia a la sequía. Este estudio empleó una combinación de estudio de asociación de genoma completo (GWAS) y mapeo de ligamiento para señalar los genes de tolerancia a la sequía en arroz durante la etapa de plántula. Utilizando la escala de enrollamiento de hojas (LRS) como índice fenotípico, evaluamos la tolerancia a la sequía del arroz bajo sequía inducida por polietilenglicol durante la etapa de plántula. Se identificó un SNP principal C8_28933410 mediante GWAS, que se encontraba dentro de la región identificada por mapeo de ligamiento en el cromosoma 8. Al combinar los análisis de bloque de LD e intervalo de QTL, se consideró un intervalo de superposición de 138,6 kb como la región candidata. El análisis de haplotipos, qRT-PCR, análisis de secuencias y verificación del fenotipo mutante llevaron a la especulación de que es un gen candidato asociado con la tolerancia a la sequía. Nuestros hallazgos proporcionan una referencia valiosa para los criadores que buscan mejorar la tolerancia a la sequía en el arroz.