La utilización de tierras salinas es un desafío global, y cultivar variedades de soja tolerantes a la sal es beneficioso para mejorar la eficiencia en la utilización de tierras salinas. Explorar la base genética de las variedades de soja tolerantes a la sal y desarrollar marcadores moleculares tolerantes a la sal puede promover eficazmente el proceso de cría de soja tolerante a la sal. En el estudio, se utilizó el método de función de membresía para evaluar siete rasgos relacionados con la tolerancia a la sal y la tolerancia salina integral en la etapa de plántula de soja; se realizó un análisis de asociación a nivel genómico (GWAS) en una población natural que contenía 200 materiales de soja; y se llevó a cabo un análisis de ligamiento en una población de 112 líneas recombinantes endogámicas (RIL) para detectar loci de rasgos cuantitativos (QTL) de tolerancia a la sal. En el GWAS, se mapearon 147 SNP, explicando entre el 5.28% y el 17.16% de la variación fenotípica. En el análisis de ligamiento, se identificaron 10 QTL, que podrían explicar entre el 6.9% y el 16.16% de la variación fenotípica. Se encontró que había dos regiones co-localizadas entre la población natural y la población RIL, que contenían siete genes candidatos de tolerancia a la sal en soja. Además, se encontró que un intervalo de colocalización contenía qZJS-15-1, rs47665107 y rs4793412, todos los cuales podrían explicar más del 10% de las tasas de variación fenotípica, lo que lo hace adecuado para el desarrollo de marcadores moleculares. Las posiciones físicas de rs47665107 y rs47934112 estaban incluidas en qZJS-15-1. Por lo tanto, se diseñó y desarrolló un marcador KASP utilizando Chr. 15:47907445, que estaba estrechamente vinculado a qZJS-15-1. Este marcador podría agrupar de manera precisa y clara los materiales de genotipos tolerantes a la sal en la población heterocigota probada. Los QTL y los marcadores KASP encontrados en el estudio proporcionan una base teórica y técnica para acelerar la cría de soja tolerante a la sal.