Para examinar las respuestas fisiológicas del ajo a la salinidad, plántulas de ocho accesiones de cuello blando de 17 días de edad fueron tratadas con 200 mM de NaCl durante siete días en un sistema hidropónico. Al final del tratamiento, se midieron varios rasgos morfológicos y fisiológicos, incluyendo altura del brote, peso fresco del brote, peso seco del brote, longitud de la raíz, peso fresco de la raíz, peso seco de la raíz, tasa de fotosíntesis y concentraciones de Na y K en las hojas. El análisis de componentes principales mostró que el peso seco del brote y la relación K/Na contribuyen más a la tolerancia a la sal entre las accesiones de ajo. Como resultado, las accesiones tolerantes y sensibles a la sal se agruparon en base a estos dos parámetros. Además, para investigar los mecanismos moleculares en el ajo en respuesta a la salinidad, se compararon los transcriptomas de hojas y raíces entre accesiones de ajo tolerantes y sensibles a la sal. Aproximadamente se obtuvieron 1.5 mil millones de pares de lecturas de 24 bibliotecas generadas a partir de las hojas y raíces de las accesiones de ajo tolerantes y sensibles a la sal. Se identificaron un total de 47,509 genes mediante el mapeo de las lecturas limpias en el genoma de referencia del ajo. El análisis estadístico indicó que 1282 y 1068 genes fueron regulados al alza únicamente en las hojas tolerantes y raíces, respectivamente, mientras que 1505 y 1203 genes fueron regulados a la baja exclusivamente en las hojas y raíces tolerantes después del tratamiento con NaCl, respectivamente. La categorización funcional de estos genes reveló su participación en una variedad de procesos biológicos. Varios genes importantes para la biosíntesis de carotenoides, la señalización de auxinas y el transporte de K fueron fuertemente alterados en las raíces por el tratamiento con NaCl y podrían ser genes candidatos para mejorar la tolerancia del ajo a la salinidad.