La asimilación nutricional eficiente y el metabolismo energético en los estómagos de los yaks contribuyen a su adaptación a entornos difíciles. Un análisis preciso del perfil de expresión génica ayudará a revelar aún más el mecanismo molecular del metabolismo de nutrientes y energía en el estómago del yak. La RT-qPCR se considera un método preciso y confiable para analizar la expresión génica. La selección de genes de referencia es esencial para obtener resultados significativos de RT-qPCR, especialmente en estudios longitudinales de expresión génica de tejidos y órganos. Nuestro objetivo fue seleccionar y validar genes de referencia óptimos de todo el transcriptoma como controles internos para estudios longitudinales de expresión génica en el estómago del yak. En este estudio, se determinaron 15 genes de referencia candidatos (CRGs) de acuerdo con los resultados de secuenciación del transcriptoma (RNA-seq) y la literatura previa. Los niveles de expresión de estos 15 CRGs se cuantificaron utilizando RT-qPCR en el estómago del yak, incluyendo el rumen, el retículo, el omaso y el abomaso en cinco etapas: 0 días, 20 días, 60 días, 15 meses y tres años (adulto). Posteriormente, se evaluaron las estabilidades de expresión de estos 15 CRGs a través de cuatro algoritmos: geNorm, NormFinder, BestKeeper y el método C comparativo. Además, se utilizó RefFinder para obtener un ranking integral de la estabilidad de los CRGs. Los resultados del análisis indican que, y son los genes más estables en el estómago del yak a lo largo del ciclo de crecimiento. Además, para verificar la fiabilidad de los CRGs seleccionados, se cuantificaron los niveles de expresión relativa de a través de RT-qPCR utilizando los tres CRGs más estables o los tres menos estables. En general, recomendamos combinar y como genes de referencia para la normalización de los datos de RT-qPCR en el estómago del yak a lo largo del ciclo de crecimiento.