Cribado y verificación de genes de referencia para el análisis de la expresión génica en ajo (L.) bajo estrés por frío y sequía
Autores: Wang, Qizhang; Guo, Chunqian; Yang, Shipeng; Zhong, Qiwen; Tian, Jie
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Cribado y verificación de genes de referencia para el análisis de la expresión génica en ajo (L.) bajo estrés por frío y sequía
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Estudio
Genes de referencia
Expresión génica
Condiciones de crecimiento
Estrés
Abundancia de transcritos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 6
Citaciones: Sin citaciones
El objetivo principal de este estudio fue seleccionar y verificar genes de referencia apropiados para la evaluación de la expresión génica durante el crecimiento y desarrollo de las plantas bajo distintas condiciones de crecimiento. Nueve genes de referencia candidatos fueron seleccionados basándose en datos de secuencias del transcriptoma de ajo. Se utilizó RT-qPCR para detectar los niveles de expresión de los genes de referencia mencionados en tejidos específicos bajo estrés por sequía y frío. Luego, se utilizaron geNorm, NormFinder, BestKeeper y ReFinder para considerar la consistencia de los niveles de expresión de los genes de referencia candidatos. Finalmente, se evaluó cuantitativamente la expresión génica en respuesta al estrés de la ascorbato peroxidasa para confirmar los genes de referencia elegidos. Nuestros resultados indicaron que había variaciones en la abundancia y estabilidad de los transcritos de nueve genes de referencia bajo estrés por frío y sequía, entre los cuales algunos tenían la mayor abundancia de transcritos, y otros tenían la menor abundancia de transcritos. Algunos fueron los genes más estables expresados en todas las muestras; otros fueron los genes más estables expresados durante el estrés por frío, y otros más durante el estrés por sequía. Los genes más estables expresados en raíces, pseudotallos, hojas y dientes fueron, respectivamente, mientras que uno fue el gen más inestable durante las condiciones de estrés por sequía y frío y en tejidos exclusivos. Tomando los genes de referencia estables como referencias durante el estrés por sequía y frío, se demostró aún más la fiabilidad de los niveles de expresión al detectar la expresión de . Nuestro trabajo ofrece así una referencia teórica para la evaluación de la expresión génica en ajo en varios tejidos y bajo condiciones de estrés.
Descripción
El objetivo principal de este estudio fue seleccionar y verificar genes de referencia apropiados para la evaluación de la expresión génica durante el crecimiento y desarrollo de las plantas bajo distintas condiciones de crecimiento. Nueve genes de referencia candidatos fueron seleccionados basándose en datos de secuencias del transcriptoma de ajo. Se utilizó RT-qPCR para detectar los niveles de expresión de los genes de referencia mencionados en tejidos específicos bajo estrés por sequía y frío. Luego, se utilizaron geNorm, NormFinder, BestKeeper y ReFinder para considerar la consistencia de los niveles de expresión de los genes de referencia candidatos. Finalmente, se evaluó cuantitativamente la expresión génica en respuesta al estrés de la ascorbato peroxidasa para confirmar los genes de referencia elegidos. Nuestros resultados indicaron que había variaciones en la abundancia y estabilidad de los transcritos de nueve genes de referencia bajo estrés por frío y sequía, entre los cuales algunos tenían la mayor abundancia de transcritos, y otros tenían la menor abundancia de transcritos. Algunos fueron los genes más estables expresados en todas las muestras; otros fueron los genes más estables expresados durante el estrés por frío, y otros más durante el estrés por sequía. Los genes más estables expresados en raíces, pseudotallos, hojas y dientes fueron, respectivamente, mientras que uno fue el gen más inestable durante las condiciones de estrés por sequía y frío y en tejidos exclusivos. Tomando los genes de referencia estables como referencias durante el estrés por sequía y frío, se demostró aún más la fiabilidad de los niveles de expresión al detectar la expresión de . Nuestro trabajo ofrece así una referencia teórica para la evaluación de la expresión génica en ajo en varios tejidos y bajo condiciones de estrés.