Las cepas de levadura son modelos convenientes para estudiar los procesos de domesticación. La capacidad de la levadura para fermentar fuentes de carbono de diversos sustratos y producir etanol y dióxido de carbono es el núcleo de las tecnologías de elaboración de cerveza, vinificación y producción de etanol. El presente estudio revela las diferencias entre las cepas de levadura utilizadas en diversas industrias. Para entender esto, realizamos un estudio proteómico de cepas industriales seguido de un análisis comparativo de los datos genéticos de levadura disponibles. Los niveles de expresión de proteínas individuales en cepas domesticadas de diferentes industrias indicaron modulación resultante de la respuesta a los entornos tecnológicos. La naturaleza innovadora de esta investigación fue el descubrimiento de genes sobreexpresados en cepas de levadura adaptadas a la elaboración de cerveza, pan y producción de etanol, se encontraron genes típicos para la domesticación específica. Descubrimos un conjunto de genes típico para las cepas de levadura de cerveza. La levadura de panadero tenía un gen específico adaptado al estrés osmótico. El estrés tóxico era típico de la levadura utilizada para la producción de etanol. Los datos obtenidos pueden aplicarse para la mejora dirigida de cepas industriales.