Una de las estrategias para mejorar genéticamente los rasgos reproductivos, a pesar de su baja heredabilidad, ha sido la identificación de genes candidatos. Por lo tanto, el objetivo de este estudio fue detectar genes candidatos asociados con la fecundidad a través del índice de fijación (F) y los tramos de homocigosidad (ROH) de las firmas de selección en ovejas Katahdin. Se utilizaron registros productivos y reproductivos de tres años y los genotipos (OvineSNP50K) de 48 ovejas Katahdin. Se identificaron dos grupos de ovejas para llevar a cabo la comparación genética: con alta fecundidad (1.3 +/- 0.03) y con baja fecundidad (1.1 +/- 0.06). Este estudio muestra por primera vez evidencia de la influencia de los genes , , , y en la fecundidad de las ovejas Katahdin; además, se detectaron nuevos genes candidatos para la fecundidad que no se habían reportado previamente en ovejas, pero que se detectaron en otras especies: (cerda), (vaca y búfala), (vaca), (vaca), (vaca) y (búfala, toro). Estos nuevos genes candidatos en ovejas parecen tener una alta expresión en la reproducción. Por lo tanto, se necesitan futuros estudios enfocados en describir la base fisiológica de los cambios en el comportamiento reproductivo influenciados por estos genes.