Descifrar la base molecular de la heterosis proporcionaría genes y marcadores para diseñar variedades de maíz híbrido mejoradas. En este estudio, se genotiparon 481 líneas BCF derivadas de Zheng58 y PH4CV con 15,386 marcadores SNP polimórficos y se cruzaron con dos probadores (Chang7-2 y PH6WC) para generar 962 líneas de prueba. El rendimiento de estas líneas de prueba y sus líneas parentales se evaluó en múltiples ambientes. El análisis genético reveló que la dominancia es la principal contribuidora a la heterosis. El mapeo de la heterosis del progenitor medio (MPH) identificó dos QTL dominantes, seis interacciones aditivas-aditivas, dieciocho interacciones aditivas-dominantes y cincuenta y cuatro interacciones dominantes-dominantes. Estas interacciones abarcaron 104 bloques genéticos, incluyendo 24 bloques genéticos que explicaban >1% de las varianzas fenotípicas tanto para MPH como para el rendimiento híbrido. Comparamos las ubicaciones de los genes de expresión específica de alelo (ASEGs) identificados a partir de los datos de expresión de dos líneas híbridas y sus líneas parentales con las de los 24 bloques genéticos y encontramos 15 ASEGs relacionados con la regulación del rendimiento o la biomasa, incluidos dos genes conocidos y . El análisis de la prueba exacta de Fisher indicó un enriquecimiento significativo de estos ASEGs en los 24 bloques, confirmando la fiabilidad de los resultados del mapeo de MPH. La red de co-expresión de seis ASEGs, incluyendo y , contenía muchos genes relacionados con la regulación del rendimiento o la biomasa. Este estudio desentraña genes candidatos potenciales y redes regulatorias asociadas con la heterosis del maíz.