Identificación de genes asociados a células madre cancerosas (CSC), valor pronóstico y fármacos candidatos como moduladores de la señalización asociada a CSC en carcinomas a través de un enfoque de análisis de datos multiómicas
Autores: Mondal, Pallabi; Singh, Poulami; Mahanti, Krishna; Bhattacharyya, Sankar
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Identificación de genes asociados a células madre cancerosas (CSC), valor pronóstico y fármacos candidatos como moduladores de la señalización asociada a CSC en carcinomas a través de un enfoque de análisis de datos multiómicas
Categoría
Gestión y administración
Subcategoría
Gestión de la tecnología y la inovación
Palabras clave
Células madre cancerosas
Genes
Tumores
Tratamiento
Medicamentos
Pronóstico
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 1
Citaciones: Sin citaciones
Antecedentes: Las células madre cancerosas (CSCs) son una pequeña subpoblación de células cancerosas que tienen el potencial de autorrenovación y una fuerte capacidad proliferativa, y sostienen las capacidades de tumorigenesis. Esta habilidad de las CSCs para escapar de las respuestas inmunitarias convierte a las CSCs en una fuente principal de células tumorales funcionalmente alteradas, resistentes a la inmunidad, quimiorresistentes y agresivas. Estas características determinan la ventaja potencial de dirigir el tratamiento de los tumores sólidos hacia las CSCs. Método: Primero, descargamos diferentes conjuntos de datos de expresión génica de CSCs de la base de datos NCBI-GEO (Centro Nacional de Información Biotecnológica - Omnibus de Expresión Génica) e identificamos genes comunes utilizando una herramienta de Venn adecuada. Posteriormente, exploramos la significancia pronóstica de los genes particulares en cánceres específicos y analizamos la expresión de estos genes a nivel proteico en tumores sólidos humanos utilizando KM plotter (gráfico de Kaplan-Meier) y una base de datos HPA (El Atlas de Proteínas Humanas), respectivamente. Finalmente, utilizando una base de datos toxigenómica comparativa, seleccionamos varios medicamentos o químicos importantes. Resultado: De este estudio, identificamos APOC1 como un gen comúnmente sobreexpresado en cáncer de mama y SLC44A5 y CAV2 como genes comúnmente sobreexpresados y subexpresados en cáncer de pulmón. En cáncer de ovario, PRRG4 es un gen comúnmente sobreexpresado, y ADCY7, AKAP12, TPM2 y FLNC son genes comúnmente subexpresados. Estos genes también muestran significancia pronóstica en los respectivos cánceres. También se identificaron varios medicamentos que son capaces de dirigir la expresión o la red de señalización de los genes designados de las CSC, lo que puede contribuir a la terapia contra el cáncer dirigida a las CSC. Conclusión: Nuestro estudio sugiere la necesidad de investigaciones experimentales más profundas para determinar la actividad funcional real y el mecanismo de acción de estos genes asociados a las CSC.
Descripción
Antecedentes: Las células madre cancerosas (CSCs) son una pequeña subpoblación de células cancerosas que tienen el potencial de autorrenovación y una fuerte capacidad proliferativa, y sostienen las capacidades de tumorigenesis. Esta habilidad de las CSCs para escapar de las respuestas inmunitarias convierte a las CSCs en una fuente principal de células tumorales funcionalmente alteradas, resistentes a la inmunidad, quimiorresistentes y agresivas. Estas características determinan la ventaja potencial de dirigir el tratamiento de los tumores sólidos hacia las CSCs. Método: Primero, descargamos diferentes conjuntos de datos de expresión génica de CSCs de la base de datos NCBI-GEO (Centro Nacional de Información Biotecnológica - Omnibus de Expresión Génica) e identificamos genes comunes utilizando una herramienta de Venn adecuada. Posteriormente, exploramos la significancia pronóstica de los genes particulares en cánceres específicos y analizamos la expresión de estos genes a nivel proteico en tumores sólidos humanos utilizando KM plotter (gráfico de Kaplan-Meier) y una base de datos HPA (El Atlas de Proteínas Humanas), respectivamente. Finalmente, utilizando una base de datos toxigenómica comparativa, seleccionamos varios medicamentos o químicos importantes. Resultado: De este estudio, identificamos APOC1 como un gen comúnmente sobreexpresado en cáncer de mama y SLC44A5 y CAV2 como genes comúnmente sobreexpresados y subexpresados en cáncer de pulmón. En cáncer de ovario, PRRG4 es un gen comúnmente sobreexpresado, y ADCY7, AKAP12, TPM2 y FLNC son genes comúnmente subexpresados. Estos genes también muestran significancia pronóstica en los respectivos cánceres. También se identificaron varios medicamentos que son capaces de dirigir la expresión o la red de señalización de los genes designados de las CSC, lo que puede contribuir a la terapia contra el cáncer dirigida a las CSC. Conclusión: Nuestro estudio sugiere la necesidad de investigaciones experimentales más profundas para determinar la actividad funcional real y el mecanismo de acción de estos genes asociados a las CSC.