Elucidar los factores regulatorios que afectan la grasa intramuscular (IMF) es esencial para mejorar la calidad del cerdo. Mientras que el músculo psoas mayor (PMM), como un prototipo de fibra muscular oxidativa, demuestra una ternura excepcional y atributos sensoriales favorables, los mecanismos moleculares que rigen el contenido de IMF y la divergencia en la calidad de la carne aún no se han detallado exhaustivamente. Realizamos un análisis transcriptómico comparativo sistemático del PMM entre cerdos Saba indígenas de China con bajo y alto contenido de IMF para investigar las diferencias específicas de IMF en la calidad de la carne. Encontramos que los cerdos con alto contenido de IMF presentaron un contenido significativamente elevado de ácidos grasos saturados y ácidos grasos (mono)insaturados. También identificamos genes clave que rigen la acumulación de tejido adiposo en el PMM e influyen en la calidad de la carne que regulan la deposición de grasa en el PMM y la calidad general del cerdo. Nuestros hallazgos delinean biomarcadores clave y desarrollan redes regulatorias moleculares asociadas con el metabolismo de grasas en el músculo esquelético, estableciendo así una base para una investigación integral sobre los mecanismos moleculares que rigen la deposición de IMF en el cerdo.