El jujube exhibe una rica diversidad en la forma del fruto, con ocurrencias naturales de formas similares a calabazas, aplanadas y otras formas especiales. A pesar de la investigación en curso sobre la forma del fruto, los estudios que integran descriptores de Fourier elípticos (EFD) con el Minero de Expresión de Series Temporales (STEM) y el análisis de redes de coexpresión génica ponderada (WGCNA) para el descubrimiento de genes siguen siendo escasos. En este estudio, se seleccionaron seis cultivares de frutos de jujube con formas distintas, y se recolectaron muestras desde el período de formación del fruto hasta la etapa de madurez blanca en cinco puntos temporales para el análisis de forma y estudios de transcriptoma. Al combinar EFD con WGCNA y STEM, el estudio tuvo como objetivo identificar los períodos críticos y los genes clave involucrados en la formación de la forma del fruto de jujube. Los hallazgos indicaron que el D25 (25 días después de la floración) es crucial para el desarrollo de la forma del fruto de jujube. Además, se ha implicado a ocho otros genes en la regulación del desarrollo de la forma de los jujubes en diferentes períodos del desarrollo del fruto, a través del desarrollo de semillas y la vía de desarrollo del fruto. En esta investigación, se emplearon EFD para delinear con precisión la forma de los frutos de jujube. Este enfoque, junto con el transcriptoma, mejoró la precisión de la identificación de genes y ofreció una metodología innovadora para el análisis de la forma del fruto. Esta integración facilita el avance de la investigación sobre las características morfológicas de los frutos de las plantas, sustentando el desarrollo de un marco refinado para los fundamentos genéticos de la variación en la forma del fruto.