El maní cultivado (L.) es un cultivo económico y oleaginoso importante en todo el mundo, proporcionando aceite comestible de alta calidad y un alto contenido de proteínas. El tamaño/peso de la semilla y el contenido de aceite son dos determinantes importantes del rendimiento y la calidad en la mejora del maní. Para identificar reguladores clave que controlan estos dos rasgos, se compararon dos cultivares de maní con fenotipos contrastantes, uno con un tamaño de semilla más grande y mayor contenido de aceite (Zhonghua16, ZH16 para abreviar), mientras que el segundo cultivar tenía semillas de tamaño más pequeño y menor contenido de aceite (Zhonghua6, ZH6). Se realizaron análisis de transcriptoma completo en estos dos cultivares en cuatro etapas del desarrollo de la semilla. Los resultados mostraron que aproximadamente el 40% de los genes expresados eran específicos de la etapa en cada cultivar durante el desarrollo de la semilla, especialmente en la etapa temprana de desarrollo. Además, identificamos un total de 5356 genes expresados diferencialmente (DEGs) entre ZH16 y ZH6 a través de las cuatro etapas de desarrollo. El análisis de red de coexpresión génica ponderada (WGCNA) basado en DEGs reveló múltiples genes clave con roles potenciales en el tamaño/peso de la semilla y/o contenido de aceite. Estos genes clave estaban principalmente involucrados en factores de transcripción (TFs), fitohormonas, la vía del ubiquitina-proteasoma y la síntesis de ácidos grasos. En general, los genes candidatos y las redes de coexpresión detectadas en este estudio podrían ser un recurso valioso para la mejora genética para mejorar el rendimiento y las características de calidad de las semillas en el maní.