Como cultivo amante de la temperatura, el arroz es sensible a las bajas temperaturas. Con la popularización del arroz sembrado directamente, la tolerancia al frío (CT) en la etapa de brotación del capullo se ha convertido en un objetivo importante en la cría. Aquí, evaluamos la CT para 513 accesiones de arroz en la etapa de brotación del capullo. Se detectaron un total de 13 QTL mediante análisis de asociación a nivel genómico utilizando la gravedad del daño (SD) y la tasa de supervivencia de plántulas (SR) como indicadores de CT. Basándonos en análisis de bloques de LD, enriquecimiento de GO, expresión génica y haplotipo, identificamos cinco genes, , , , , y , como los candidatos más probables para , , , , y , respectivamente, para la CT. Los efectos acumulativos de los haplotipos favorables para los cinco genes candidatos más probables mencionados jugaron un papel importante en la mejora de la CT de los cultivares de arroz. Por lo tanto, este estudio ha proporcionado valiosas ideas para avanzar en la clonación de genes y la cría de pirámides, con el objetivo de mejorar la tolerancia al frío durante la etapa de brotación del capullo en el arroz.