En la industria ganadera, los rasgos de crecimiento y gordura están directamente relacionados con la eficiencia de producción y los beneficios económicos. En cuanto a los cerdos Diannan de oreja pequeña (DSE), una raza indígena única, la arquitectura genética de los rasgos de crecimiento y gordura sigue siendo elusiva. El objetivo de este estudio fue buscar los loci genéticos y los genes candidatos asociados con los rasgos fenotípicos en los cerdos DSE utilizando GWAS basado en los datos del Geneseek Porcine 50K SNP Chip. Se detectaron un total de 22,146 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en 265 cerdos DSE y se utilizaron para el análisis de estudios de asociación a nivel genómico (GWAS). Se encontraron siete SNP asociados con la altura de la espalda, la circunferencia del pecho, la circunferencia del hueso cañón y el grosor de la grasa dorsal en el nivel de significancia sugestiva. Basado en los resultados de anotación genética, estos siete SNP fueron mapeados respectivamente a los siguientes genes candidatos, que están principalmente involucrados en la diferenciación de adipocitos, el metabolismo de lípidos, el desarrollo del músculo esquelético y el aumento de peso diario promedio. Nuestro trabajo ofrece nuevas perspectivas sobre la arquitectura genética de rasgos económicamente importantes en los cerdos y puede desempeñar un papel importante en la cría utilizando marcadores moleculares en la raza DSE.