El maíz es un cultivo alimenticio importante, y el peso de 100 granos (HKW) es uno de los tres componentes clave del rendimiento. En este estudio, se utilizaron 200 líneas puras de maíz como material, y el HKW fue evaluado durante tres años consecutivos en dos ambientes. Se realizó un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) utilizando los modelos Blink y FarmCPU con 44,935 marcadores SNP distribuidos uniformemente en todo el genoma del maíz. Se identificaron un total de 25 SNPs asociados significativamente con el HKW, con tres SNPs detectados en ambos modelos. Seis SNPs significativos se localizaron dentro de los bins de QTL previamente mapeados asociados con el peso del grano. En las regiones de desequilibrio de ligamiento (LD) de los loci de SNP significativos, se identificaron 198 genes candidatos, de los cuales 74 tenían información de anotación. Un análisis adicional reveló 21 genes candidatos relacionados con el HKW, como (oxidasa alternativa), (enzima de conjugación de ubiquitina), (desacetilasa de histonas), (metiltransferasa), (factor de transcripción BZIP) y (factor de transcripción bHLH). Los loci de SNP y genes candidatos identificados en este estudio proporcionan referencias importantes para la selección asistida por marcadores, el mapeo fino y la clonación de genes relacionados con el HKW en el maíz.