La altura de la planta, como un componente crucial de la arquitectura de la planta, ejerce una influencia significativa en la resistencia a la lodging del colza (L.), la eficiencia fotosintética, el rendimiento y el nivel de cosecha mecanizada. Un estudio previo identificó el colza enano LSW2018. En este estudio, LSW2018 (padre enano (PD)) se cruzó con 389 (padre alto (PH)) para establecer la población F, y se seleccionaron 30 plantas extremadamente enanas (bulk-D) y altas (bulk-H) en la población F para construir dos grupos de ADN agrupados. Se realizaron secuenciación de genoma completo y análisis de variación (BSA-seq) en estos cuatro grupos de ADN (PD, PH, bulk-D y bulk-H). Los resultados de BSA-seq revelaron que la región genómica responsable del rasgo enano abarcaba desde 19.30 hasta 22.19 Mb en el cromosoma A03, con una longitud de 2.89 Mb. Después de un mapeo fino con marcadores de repeticiones de secuencia simple (SSR), el gen se redujo a un intervalo de 0.71 Mb. Dentro de esta región, se identificaron un total de 113 genes, 42 de los cuales contenían variantes de gran efecto. Según la anotación del genoma de referencia y el análisis de qRT-PCR, hay 17 genes diferencialmente expresados en esta región entre individuos altos y enanos. Este estudio revela preliminarmente la base genética del enanismo de LSW2018 y proporciona una base teórica para la cría asistida por marcadores moleculares del colza enano.