Los yaks han evolucionado varias razas o recursos genéticos debido a su entorno geográfico y ecológico, y investigar la construcción genética del tamaño corporal entre razas es clave para la cría. Aquí, se realizó un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) para cinco rasgos de tamaño corporal en 31 razas de yaks y recursos genéticos. La información de la agrupación de individuos según sus hábitats se utilizó para el agrupamiento de parentesco en el modelo lineal mixto comprimido (CMLM). Llamamos a este enfoque el método pCMLM. Se obtuvieron un total de 3,584,464 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) de alta calidad, y se encontraron seis marcadores que estaban significativamente asociados con la altura mediante pCMLM. Se identificaron cuatro genes candidatos, incluyendo , , , y . Nuestros resultados muestran que cuando CMLM no puede identificar grupos de agrupamiento óptimos, pCMLM puede proporcionar resultados asociados suficientes basados en la información de la población. Además, este estudio proporciona información básica sobre la localización genética de rasgos cuantitativos del tamaño corporal entre razas de yaks.